行政單位

  秘書室
  稽核室
  校務研究室
  藝文中心
  總務處
  人事室
  會計室
  法務室
  公共事務室
  資金室
  校史室
  研究發展處
  國際及兩岸教育處
  教務處
  學生事務處 
  圖書館
  資訊中心 
  學生輔導中心
  研究倫理中心
  實驗動物中心
  環境保護與安全衛生中心
  進修部
  體育室
  推廣部

教學單位

  藝術學院
  醫學院
  理工學院
  外語學院
  法律學院
  社會科學院
  文學院
  傳播學院
  教育學院
  民生學院
  織品服裝學院
  全人教育課程中心
  天主教學術研究院

使命單位

  宗教輔導中心
  進修部使命特色室
  中國聖職單位使命特色發展室
  聖言會使命特色發展室
  耶穌會使命特色發展室
  服務學習中心
  台灣偏鄉教育關懷中心
  宿舍服務中心